La colección
Se divide en dos salones en los que se pueden observar diversas obras que proceden de los distintos emplazamientos de la catedral, en el primero se pueden observar obras de arte mientras que el segundo contiene objetos relacionados con la religión, además de cerámicas y tallas.
Dentro de las pinturas que se pueden observar en la primera sala destacan grandes autores como José de Ribera o Luis Morales. En esta misma sala comparten espacio pequeñas esculturas del siglo XVII.
La silla episcopal del obispo Santos Olivera preside la segunda sala, en la que se pueden ver otros elementos litúrgicos, destacando piezas de orfebrería y de marfil.
El edificio
El edificio es una de las mejores muestras del arte religioso español: situada sobre los restos de otras muestras culturales tales como la primitiva mezquita almohade.
Se empezaron sus trazas aproximadamente sobre 1530, y aunque no está confirmado, parece que pudieran ser de Enrique Egas o de Pedro López, ambos “Maestros Trazadores”, siendo este último posteriormente director de la obra, con intervención de Diego de Siloé.
Mas tarde se continuó con soluciones de Diego de Vergara y Andrés de Vandelvira, se sucedieron aparejadores y arquitectos y se recabaron informes de entre otros Ventura Rodríguez, que incluyó los planos de una cubierta de madera y tejas para 
proteger las bóvedas, tema que sigue estando de actualidad pues la intemperie y las aves están afectando muy gravemente a la techumbre de la catedral, aunque hasta ahora ese cubrimiento, así como la terminación de esta, con la adición de la segunda torre no esta decidida.
Esta falta de una torre ha hecho que se la llame popularmente La Manquita y que respecto a esto circule una leyenda urbana que dice que el dinero que se destinaba en el XIX a su terminación se gastó, mandándolo a pagar las guerras en América, aunque está demostrado que ese dinero se gastó realmente en financiar obras públicas urgentes en la provincia.
Con una planta de tres naves con girola, es en cierto modo una evolución del arte goticista de su primer momento que acogió las nuevas ideas renacentistas, con todas las naves de la misma altura con bóvedas vaídas que conforman esos cupulines tan característicos que se ven desde arriba, por ejemplo cuando se la ve desde el hotel Málaga Palacio.
El alzado incorpora el estilo siloésco con el dado de Brunelleschi, que contribuye a darle mayor altura y vistosidad sin distorsionar el canon.
Por su cabecera es hermana de las de Granada y Guadix, las catedrales andaluzas del XVI, en cambio por su coro hay que relacionarla con los Coros de Toledo y Córdoba, los tres mas importantes de España.
En el Coro de Málaga esta la sillería con 42 tallas, obra de Pedro de MENA en su mayoría, un obra maestra que este realizó tras las intervenciones previas de Luís Ortiz de Vargas y con el Apostolado del escultor José Micael Alfaro, todo esto lo hacen ser una de las obras mas importantes en su género.
Destacar también dos órganos, magníficos que tienen más de 4.000 tubos, y que son raros y hermosos ejemplos de instrumentos musicales del siglo XVIII que aún se conservan en buen uso y con los que se dan frecuentes conciertos.
Las portadas son conocidas cómo ”de las Cadenas”, la que está frente al Palacio de Zea-Salvatierra con sus jardines y su patio de los naranjos; la principal, conocida como de la Plaza del Obispo y también, aunque no esté integrado en la Catedral, la fachada del Sagrario, y desde mediados del siglo XX la Catedral quedó totalmente exenta cuando se demolieron las últimas casas que estaban adosadas, en la parte cercana al Parque.
En la catedral se encuentra el Museo Catedralicio, actualmente ubicado en las dependencias d la antigua Sala Capitular, son dos estancias, parte de la obra del siglo XVIII, que tienen un bello artesonado del XIX, con obras de la propia Catedral y de otros lugares, algunas de salas ya desaparecidas, tales como la antigua Sala de Ornamentos, también llamada del Tesoro de la catedral, y esta misma Capitular, ambas ya desaparecidas y en la primera de las salas es donde se ubican gran cantidad de obras sacras.
